Η συχνότητα των βυθομέτρων είτε είναι υψηλή είτε χαμηλή δεν επηρεάζει το αποτέλεσμα της ποιότητας της βυθομετρίας σε βαθιά ή ρηχά νερά.
Σε βαθειά νερά (>300m) χρησιμοποιούνται βυθόμετρα μικρής συχνότητας 10-30kHz που έχουν αρκετή ενέργεια ώστε να φτάσει το κύμα στα βάθη αυτά.
Σε βαθειά νερά (>300m) χρησιμοποιούνται βυθόμετρα μεγάλης συχνότητας 30-200kHz που έχουν την δυνατότητα να σχηματίσουν μικρή κωνική δέσμη επιταχύνοντας μεγαλύτερη ακρίβεια.
