Μάθημα : Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική - Προπτυχιακό
Κωδικός : CEID1047
Σχετικά με ερώτημα 2 της πρώτης εργασίας - Επικαιροποίηση εκφώνησης
Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,
όπως συζητήσατε χθες στο φροντιστήριο με τον Καλογερόπουλο, σχετικά με την άσκηση 2 του πρώτου συνόλου ασκησεων το εργαλείο Clustal Omega μπορεί να χρησιμοποιηθεί για πολλαπλή στοίχιση. ΟΜΩΣ, αυτή τη στιγμή δεν είναι διαθέσιμο στο site τους. Άρα για το λόγο αυτό στα πλαίσια της άσκησης αρκεί να γίνει στοίχιση μεταξύ της ακολουθίας ενδιαφέροντος και αυτών που επέστρεψε το BLAST. H biopython υποστηρίζει τέτοια pairwise στοίχιση με τη χρήση του PairwiseAligner. Σε περίπτωση που θέλετε να χρησιμοποιήσετε πολλαπλή στοίχιση μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το MUSCLE σε συνδυασμό με biopython (βλ. https://biopython.org/docs/dev/Tutorial/chapter_msa.html) .
Η εκφώνηση του ερωτήματος 2 εχει επικαιροποιηθεί με βάση τα ανωτέρω,
Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής