Ανακοινώσεις μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική - Προπτυχιακό

Αναπλήρωση φροντιστηρίου Βιοπληροφορική (λόγω φοιτητικών εκλογών)

Mon, 11 May 2026 19:31:53 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

όπως ενημερωθήκατε από την Γραμματεία με ανακοίνωση στην ιστοσελίδα του Τμήματος "την Τετάρτη 13 Μαΐου 2026, ημέρα διενέργειας των φοιτητικών εκλογών, δεν θα πραγματοποιηθούν μαθήματα, εργαστηριακές, κλινικές, φροντιστηριακές ασκήσεις και εκπαιδευτικές ασκήσεις υπαίθρου, προκειμένου να δοθεί η δυνατότητα στους φοιτητές να ασκήσουν το εκλογικό τους δικαίωμα."

Όπως συνεπώς συζητήσαμε σήμερα στο μάθημα της θεωρίας, το φροντιστήριο Βιοπληροφορικής το οποίο δεν θα γίνει θα αναπληρωθεί την επόμενη Τρίτη 19.5 στην αίθουσα Ε1 στις 17:00,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ 23.6.2026-24.6.2026

Mon, 11 May 2026 17:38:00 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

ΟΙ ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΟΝ 23.6-24.6.2026 (όποια ομάδα θέλει συγκεκριμένη ημερομηνία H ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΗ ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ ΛΌΓΩ ΕΞΕΤΑΣΕΩΝ ΣΕ ΑΛΛΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ, πρέπει να στείλει email σε makri@ceid.upatras.gr και να το αναφέρει στην εργασία της) . ΣΥΝΕΠΩΣ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΘΑ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS ΜΕΧΡΙ ΚΑΙ 20.6 (έχουν ενεργοποιηθεί οι δύο σχετικοί κατάλογοι).

ΑΝΑΛΥΤΙΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΑΝΑ ΟΜΑΔΑ ΘΑ ΒΓΕΙ ΣΤΙΣ 21.6 (ΑΦΟΥ ΕΧΟΥΝ ΑΝΑΡΤΗΘΕΙ (20.6) ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΑΠΟ ΚAΘE OMAΔΑ ΣΤΟ E_CLASS.

ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ ΘΑ ΕΞΕΤΑΖΕΤΑΙ 45-50 ΛΕΠΤΆ ΣΤΟ ΓΡΑΦΕΙΟ ΜΟΥ (πρώτος όροφος νέου κτιρίου τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, https://www.ceid.upatras.gr/sites/default/files/pages/building-map_1.pdf) ,

ΕΠΙΣΗΜΑΙΝΩ ΕΠΙΣΗΣ ΟΤΙ στην περίπτωση που ο χώρος του e_class (https://eclass.upatras.gr/courses/CEID1047/) δεν επαρκεί για ανάρτηση των εργασιών υπάρχει και η επιλογή της αποστολής εργασίας με email στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr. ΚΑΙ ΣΤΙΣ ΔΥΟ ΠΕΡΙΠΤΩΣΕΙΣ Η ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ ΑΠΟΣΤΟΛΗΣ ΕΙΝΑΙ 20.6.

ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ ΕΞΕΤΑΖΕΤΑΙ ΠΕΡΙΠΟΥ 45-50 ΛΕΠΤΑ ΚΑΙ ΠΙΟ ΑΝΑΛΥΤΙΚΑ (ΑΝΤΙΓΡΑΦΩ ΑΠΟ ΤΟ E_CLASS ΕΠΙΛΟΓΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ): Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματος και θα είναι διάρκειας 45-50 λεπτά για κάθε ομάδα (10-20 λεπτά παρουσίαση των δύο εργασιών, 25-30 λεπτά προφορική εξέταση στις σημειώσεις του μαθήματος). Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint. Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint. Βαθμολογική συνεισφορά εργασιών: υπενθυμίζεται ότι το πρώτο σύνολο εργασιών συνεισφέρει κατά 30% στη συνολική βαθμολογία, το δεύτερο σύνολο εργασιών 30% επίσης, και η τελική προφορική εξέταση στις σημειώσεις συνεισφέρει κατά 40%.).

Η ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΚΑΙ ΑΠΟΣΤΟΛΗ ΤΩΝ ΔΕΥΤΕΡΩΝ ΕΡΓΑΣΙΩΝ ΘΑ ΕΙΝΑΙ ΣΕ ΚΕΙΜΕΝΑ ΜΟΡΦΗΣ .doc (.docx) (προτιμητέο) ή pdf KAI ΣΕ ΚΑΘΕ ΑΡΧΕΙΟ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΦΕΡΕΤΕ ΟΝΟΜΑ ΚΑΙ ΕΠΩΝΥΜΟ ΤΩΝ ΔΥΟ ΜΕΛΩΝ ΤΗΣ ΟΜΑΔΑΣ ΚΑΘΩΣ ΚΑΙ ΤΟΥΣ ΑΡΙΘΜΟΥΣ ΜΗΤΡΩΩΝ.

Για την περίπτωση της πρώτης εργασίας μπορείτε να ανεβάσετε και συνοδευτικά αρχεία (.pdb, κώδικες, κ.λ.π) που έχετε χρησιμοποιήσει/αναπτύξει.

ΥΠΟΒΑΛΛΕΙ ΜΟΝΟ ΕΝΑΣ ΑΠΟ ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ.

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Διαλέξεις κ. Μεγαλοοικονόμου 11.5. και 18.5

Sun, 10 May 2026 17:15:30 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

υπενθυμίζω ότι όπως είπαμε από την αρχή του εξαμήνου οι δύο επόμενες διαλέξεις θεωρίας (Δευτέρα 11.5 και Δευτέρα 18.5) θα γίνουν από τον κ. Μεγαλοοικονόμου πάνω σε θέματα (κυρίως) δομικής υπολογιστικής βιολογίας ,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας

Thu, 07 May 2026 16:49:57 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες ,

ολοκληρώθηκε η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο Project Βιοπληροφορικής και όσες ομάδες έχουν ζητήσει υλικό τους έχει δοθεί.

Μερικά email φοιτητών βρέθηκαν στο spam. Συνεπώς (για κάθε περίπτωση) ΟΣΕΣ ΟΜΑΔΕΣ ΕΧΟΥΝ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΟΥΝ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Σχετικά με ερώτημα 2 της πρώτης εργασίας - Επικαιροποίηση εκφώνησης

Thu, 19 Mar 2026 17:40:31 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

όπως συζητήσατε χθες στο φροντιστήριο με τον Καλογερόπουλο, σχετικά με την άσκηση 2 του πρώτου συνόλου ασκησεων το εργαλείο Clustal Omega μπορεί να χρησιμοποιηθεί για πολλαπλή στοίχιση. ΟΜΩΣ, αυτή τη στιγμή δεν είναι διαθέσιμο στο site τους. Άρα για το λόγο αυτό στα πλαίσια της άσκησης αρκεί να γίνει στοίχιση μεταξύ της ακολουθίας ενδιαφέροντος και αυτών που επέστρεψε το BLAST. H biopython υποστηρίζει τέτοια pairwise στοίχιση με τη χρήση του PairwiseAligner. Σε περίπτωση που θέλετε να χρησιμοποιήσετε πολλαπλή στοίχιση μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το MUSCLE σε συνδυασμό με biopython (βλ. https://biopython.org/docs/dev/Tutorial/chapter_msa.html) .

Η εκφώνηση του ερωτήματος 2 εχει επικαιροποιηθεί με βάση τα ανωτέρω,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας -- εβδομαδιαίες ώρες ενημέρωσης για projects

Wed, 18 Mar 2026 20:26:14 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

συνεχίζεται η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

ΟΣΕΣ ΟΜΑΔΕΣ ΕΧΟΥΝ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΟΥΝ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr,

Επισημαίνεται επίσης ότι κάθε Δευτέρα 19:15-21:00 θα είμαι στο χώρο του Υ/Κ ((δεύτερος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, ατυπες ώρες γραφείου/εργαστηρίου) για όσες ομάδες έχουν απορίες πως να κινηθούν στο υλικό των project τους, και για όσες ομάδες θέλουν να δουλέψουν στο Υ/Κ εκείνη την ώρα το project τους

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Aνακοίνωση πρώτης εργασίας Βιοπληροφορικής 2025-26 και ώρα αποριών (Δευτέρα 19:15-21:00, στο Υ/Κ)

Fri, 06 Mar 2026 10:04:22 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

μετά το δεύτερο συνολο ασκήσεων (ανάθεση ενός θέματος και σχετικά papers) στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε και το πρώτο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2025-26.Το πρώτο σύνολο ασκήσεων είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση βιολογιοκών ακολουθιών. Για την Biopython θα γίνει ενημέρωση από τον κ. Καλογερόπουλο, την ώρα του αντίστοιχου φροντιστηρίου.

Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ΟΛΟΚΛΗΡΟ και η αναφορά θα είναι ένα .zip αρχείο το οποίο θα περιέχει ένα .doc αρχείο με τις απαντήσεις σας σε κάθε ερώτημα και το σύνολο βοηθητικών αρχείων (αν υπάρχουν) που προσπελάσατε/δημιουργήσατε για να την εργασία.

Tέλος υπενθυμίζεται κάθε Δευτέρα 19:15-21:00 θα υπάρχει ώρα συνάντησης στο Υπολογιστικό κέντρο (δέυτερος όροφος νέου κτιρίου, 1.Α.12) για όσους φοιτητές έχουν απορίες σχετικά με το/τα projectς.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ANAKOINΩΣΗ ΔΕΥΤΕΡΟΥ ΣΥΝΟΛΟΥ ΕΡΓΑΣΙΩΝ (ΤΟ ΠΡΩΤΟ ΘΑ ΑΝΑΚΟΙΝΩΘΕΙ ΜΕΧΡΙ ΠΕΜΠΤΗ 5.3.2026) ΚΑΙ ΩΡΑ ΑΠΟΡΙΩΝ (ΔΕΥΤΕΡΑ 19:15-21:00, στο Υ/Κ)

Tue, 03 Mar 2026 14:12:58 +0300

Aγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε το δεύτερο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2025-26 που συνίσταται σε μία συλλογή θεμάτων καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε 3-4 papers τα οποία αναλαμβάνει κάθε ομάδα να αναλύσει (ένα θέμα η κάθε ομάδα).

Το πρώτο σύνολο ασκήσεων θα καθυστερήσει λίγο και θα ανακοινωθεί μεχρι την Πέμπτη 5.3 και θα είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση συμβολοσειρών και μελέτη εργαλείων προσπέλασης βιολογικών βάσεων δεδομένων). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ολόκληρο.

Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία).

Η δήλωση εργασίας, για το δεύτερο project (δηλώνετε ΜΕ ΣΕΙΡΑ ΠΡΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΡΕΙΣ ΕΠΙΛΟΓΕΣ), θα πρέπει να γίνει με e-mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr, από 9.3.2026 μέχρι τις 30.3.2026. Η ανάθεση της δεύτερης εργασίας και η αντίστοιχη διανομή υλικού θα πραγματοποιηθούν από μένα με e_mail (το αργότερο μέσα σε μία εβδομάδα από την λήψη του email).

Ημερομηνία παράδοσης και των δύο εργασιών είναι τρεις μέρες πριν την ημερομηνία εξέτασης του μαθήματος (οι εργασίες θα πρέπει να ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS). Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers της εργασίας που έχετε επιλέξει (επιπλέον βιβλιογραφικό υλικό από εσας πάνω στο αντικείμενο των papers θα προσμετρηθεί θετικά). Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματο. Στη διάρκεια της παρουσίασης τους μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

Επισημαίνεται ότι στο eclass έχει δημιουργηθεί ομάδα για όσους φοιτητές ψάχνουν για συνεργάτες στην άσκηση.

Tέλος κάθε Δευτέρα 19:15-21:00 θα υπάρχει ώρα αποριών στο Υπολογιστικό κέντρο (δέυτερος όροφος νέου κτιρίου, 1.Α.12) για όσους φοιτητές έχουν απορίες σχετικά με το/τα projectς.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) ΤΕΤΑΡΤΗ 4.3 16:00-18:00 ΦΡΟΝΤΙΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

Tue, 03 Mar 2026 11:53:36 +0300

Αγαπητοί/ές φοιτητές/τριες,

όπως είπαμε και χθες στο μάθημα θεωρίας, ΕΚΤΑΚΤΩΣ το επόμενο φροντιστήριο θα γίνει ΤΕΤΑΡΤΗ 4.3 16:00-18:00 (και όχι 17:00-19:00) στην αίθουσα Δ1.
Η συγκεκριμένη παρουσίαση θα είναι από τον κ. Παναγιώτου, υποψήφιο διδάκτορα από το Τμήμα Φαρμακευτικής, ο οποίο θα παρουσιάσει θέματα που άπτονται κοινής μας έρευνας σχετικά με υπολογιστικά εργαλεία πρόβλεψης της αναδίπλωσης πρωτεϊνών, όπως το AlphaFold της Google DeepMind και το ESMFold της Meta:

1. VP Panagiotou, C Makris, Comparative Analysis of AlphaFold2, AlphaFold3 and ESMFold in Chimeric Antigen Receptor Structure Prediction for Pancreatic Cancer Immunotherapy
International Journal on Artificial Intelligence Tools 34 (06), 2540007 2025

2. SA Sibli, VP Panagiotou, C Makris, Enhancing protein structure predictions: DeepSHAP as a tool for understanding AlphaFold2 Expert Systems with Applications 286, 127853, 2025

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΕΝΑΡΞΗ ΔΙΑΛΕΞΕΩΝ ΣΤΟ ΜΑΘΗΜΑ "EIΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ", 16.2.2026

Wed, 11 Feb 2026 20:19:15 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

Οι διαλέξεις του μαθήματος "EIΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ" διεξάγονται κάθε Δευτέρα 17:00 - 19:00 (θεωρία) και κάθε Τετάρτη 17:00-19:00 (φροντιστήριο), στην αίθουσα Δ1, και θα ξεκινήσουν την Δευτερα, 16/2,

εκ των διδασκόντων,
Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Aνάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής ΦΕΒΡΟΥΑΡΙΟΣ 2026

Fri, 06 Feb 2026 16:23:05 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί ΦΕΒΡΟΥΑΡΙΟΥ 2026 για το μάθημα βιοπληροφορικής Όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Δευτέρα 9.2, 17:00-18:00 στο γραφείο μου (ή με email),

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Πρόγραμμα Προφορικών Εξετάσεων Βιοπληροφορικής Ιανουάριος 2026

Tue, 27 Jan 2026 11:19:42 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

Το πρόγραμμα εξετάσεων Βιοπληροφορικής 28.1.2026 είναι το ακόλουθο (οι εξετάσεις γίνονται στο γραφείο μου, 1ος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής):

Τετάρτη 28.1.2026, 1080451 13:00-13:45

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΙΑΝΟΥΑΡΙΟΥ 2026 (28.1)

Fri, 26 Dec 2025 13:59:42 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

οι προφορικές εξετάσεις στην εξέταση Ιαν. 2026, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν στις 28.1 στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, αίθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, κοντά στη Γραμματεία και στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί αμέσως μετά την παράδοση της 2ης και της 1ης εργασίας που ορίζεται για τις 26.1 (όσες όμάδες θέλουν συγκεκριμένη ώρα εξέτασης να στείλουν email με το αίτημά τους)

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΡΤΟΥΝΤΑΙ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ (ΕΠΙΛΟΓΗ ΕΡΓΑΣΙΕΣ).

Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-30 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers που έχετε επιλέξει, ενώ της πρώτης η απάντηση του συνόλου των ερωτημάτων.

Υπενθυμίζεται ότι οι εξετάσεις γίνονται με ερωτήσεις κρίσεως πάνω (ΚΑΙ) σε (ΠΑΡΑΠΛΗΣΙΑ) θέματα της πρώτης εργασίας (30%), με παρουσίαση της δεύτερης εργασίας (30%) και με προφορική εξέταση στις σημειώσεις (40%).

ΔΗΛΑΔΗ ΠΑΡΑΜΕΝΕΙ ΙΔΙΟ ΤΟ ΔΕΥΤΕΡΟ ΣΕΤ ΔΕΥΤΕΡΟ ΣΕΤ. OMΩΣ ΣΤΗΝ ΠΡΩΤΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΑΝ ΚΑΙ ΤΟ ΚΕΙΜΕΝΟ ΣΑΣ ΘΑ ΕΙΝΑΙ ΔΕΚΤΟ ΔΕΝ ΘΑ ΒΑΘΜΟΛΟΓΗΘΕΙΤΕ ΠΛΗΡΩΣ ΜΕ ΒΑΣΗ ΑΥΤΟ ΑΛΛΑ ΘΑ ΑΞΙΟΛΟΓΗΘΕΙ ΓΕΝΙΚΟΤΕΡΑ ΚΑΙ ΤΟ ΕΠΙΠΕΔΟ ΤΗΣ ΚΡΙΤΙΚΗΣ ΣΑΣ ΣΚΕΨΗΣ ΜΕ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΚΡΙΣΕΩΣ ΣΕ ΘΕΜΑΤΑ ΙΔΙΑ Ή ΠΑΡOMOIAΣ ΛΟΓΙΚΗΣ.

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

(ορθή επανάληψη) Aνάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΣ 2025

Wed, 17 Sep 2025 18:18:33 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί ΣΕΤΕΜΒΡΙΟΥ 2025 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Ελέγξτε ΠΑΛΙ τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Πέμπτη 18.9, 16:00-17:00 στο γραφείο μου (ή με email),

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΕΞΕΤΑΣΕΩΝ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΣ 2025

Tue, 09 Sep 2025 09:12:50 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες.

ακολουθεί το πρόγραμμα εξετάσεων Βιοπληροφορικής. Oι εξετάσεις θα γίνουν στο γραφείο μου ( https://www.ceid.upatras.gr/sites/default/files/pages/building-map_0.pdf),

Νέο κτίριο Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, πρώτος όροφος, γραφείο 1.Α12.

ΠΕΜΠΤΗ 11.9.2025

ΩΡΑ ΑΜ1 ΑΜ2

10:00: 1093498 1093403

ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ 12.9.2025

ΩΡΑ ΑΜ1 ΑΜ2

12:00: 1053359

13:00: 1072730 1066515

ΟΣΟΙ ΔΕΝ ΔΟΥΝ ΤΟΥΣ ΑΡΙΘΜΟΥΣ ΜΗΤΡΩΩΝ ΤΟΥΣ (Η ΥΠΆΡΧΕΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑ ΜΕ ΤΗΝ ΜΕΡΑ/ΩΡΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΤΟΥΣ) ΝΑ ΣΤΕΙΛΟΥΝ e_mail στη διεύθυνση: makri@ceid.upatras.gr.

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση για Σεπτέμβριο) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας

Sun, 27 Jul 2025 21:25:24 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

ολοκληρώθηκε η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική, για τις εξετάσεις Σεπτεμβρίου.

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(ορθή επανάληψη) ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ 2025 (11.9-12.9), ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΕΡΓΑΣΙΩΝ ΜΕΧΡΙ 8.9, ΔΙΑΝΟΜΗ ΥΛΙΚΟΥ

Sun, 07 Sep 2025 18:56:37 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

οι προφορικές εξετάσεις στην εξέταση Σεπτ. 2025, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν στις 11.9 (και ίσως και 12.9) , στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, αίθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, κοντά στη Γραμματεία και στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 9.9 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης και της 1ης εργασίας που ορίζεται για τις 8.9 (όσες όμάδες θέλουν συγκεκριμένη ώρα εξέτασης να στείλουν email με το αίτημά τους)

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΡΤΟΥΝΤΑΙ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ (ΕΠΙΛΟΓΗ ΕΡΓΑΣΙΕΣ).

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

(ελαφρές διορθώσεις) Aνάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής IOYNΙΟΣ 2025

Fri, 04 Jul 2025 15:10:15 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί IOYNΙΟΥ 2025 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Στην αρχική ανάρτηση έχουν διορθωθεί λίγες παραλείψεις (μη αναφερόμενος βαθμός). Ελέγξτε ΠΑΛΙ τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Παρασκευή 4.7, 16:00-17:00 στο γραφείο μου (ή με email),

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΕΠΙΚΑΙΡΟΠΟΙΗΜΕΝΟ (ΓΙΑ 26.6) ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

Tue, 24 Jun 2025 09:31:05 +0300

Καλημέρα,

μετά από αιτήματα λόγω ταυτόχρονων εξετάσεων, το πρόγραμμα εξετάσεων Βιοπληροφορικής έχει τροποποιηθεί και αναρτηθεί πάλι στο eclass.

ΑΛΛΑΓΕΣ (15-30 ΛΕΠΤΑ) ΕΧΟΥΜΕ ΜΟΝΟ ΠΕΜΠΤΗ 26.6, οι ομάδες συνεπώς της μέρα εκείνης ελέγξτε το πρόγραμμα που έχει ανακοινωθεί,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΡΟΦΟΡΙΚΗ IOYNIOΣ 2025

Mon, 23 Jun 2025 12:42:36 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στα έγγραφα στο e_class ανακοινώθηκε το πρόγραμμα ΠΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗΣ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ.

Η εξέταση γίνεται στο γραφείο μου (1ος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, 1.Α.12), και είναι διάρκειας 45 λεπτά ανά ομάδα.

ΟΣΟΙ ΔΕΝ ΔΟΥΝ ΤΟΥΣ ΑΡΙΘΜΟΥΣ ΜΗΤΡΩΩΝ ΤΟΥΣ (Η ΥΠΆΡΧΕΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑ ΜΕ ΤΗΝ ΜΕΡΑ/ΩΡΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΤΟΥΣ) ΝΑ ΣΤΕΙΛΟΥΝ e_mail στη διεύθυνση: makri@ceid.upatras.gr.

Εισακούστηκαν όλα τα αιτήματα ομάδων για μέρα/ώρα εξέτασης,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Σχετικά με τα GitHub links και περιγραφές των εργαλείων AlphaFold και ESMFold

Wed, 21 May 2025 21:09:53 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες καλησπέρα,

μετά από ερώτηση συμφοιτήτριάς σας επισημαίνω ότι αυτό που ζητείται στο πρώτο ερώτημα της πρώτης εργασίας είναι μελέτη των εργαλείων folding και καταγραφή στοιχείων αρχιτεκτονικής τους ανεξάρτητα έκδοσης, οπότε δόθηκαν ενδεικτικά links με βάση τα οποία θα έπρεπε (αν το θέλατε χωρίς να είναι απαραίτητο) να βρείτε νεότερες εκδόσεις.

Επισημαίνω επίσης για πληροτητα (έχω συμπληρώσει και το αρχείο εκφώνησης) ότι:

1. για το alphafold3 GitHub links είναι τα https://github.com/google-deepmind/alphafold3 και (με training datasets) https://github.com/Ligo-Biosciences/AlphaFold3
2. για το Esmfold ο όρος ESMfold2 είναι καταχρηστικός (εμφανίζεται όμως σε δημοσιευμένες εργασίες). Η σωστή ορολογία είναι "ESMfold που αξιοποιεί το ESM2 μοντέλο" (αν και σε μερικά δημοσιευμένα papers υπάρχει καταχρηστικά ο όρος ESMFOLD2 to 2 αναφέρεται στο ESM2).
Οπότε το github link: https://github.com/facebookresearch/esm αναφέρεται όντως στην τελευταία εκδοση,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Επισήμανση/παρατήρηση για ερώτημα 3(ii) της πρώτης εργασίας (συγκριση δομών πρωτεινών)

Mon, 19 May 2025 19:16:30 +0300

Aγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες

στο ερώτημα 3(ii) της πρώτης εργασίας υπάρχει το ζητούμενο: "Στη συνέχεια συγκρίνετε τις δομές των δύο πρωτεινών χρησιμοποιώντας το εργαλείο Dali στην ηλεκτρονική διεύθυνση http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/."

Αν δεν τα έχετε εντοπίσει ήδη οι ίδιοι, επισημαίνω (μετα και από ερώτηση συμφοιτητή σας) ότι για το εργαλείο Dali δύο πολύ καλές αναφορές είναι οι (ιδίως η πρώτη ειναι πολύ αναλυτική) :

Liisa Holm, Using Dali for Protein Structure Comparison, Structural Bioinformatics: Methods and Protocols. 2020, Gáspári, Z. (ed.). Humana press, Vol. 2112. p. 29-42 14 p. ( Methods in Molecular Biology; vol. 2112). (μία αρχική έκδοση προσπελάσιμη από https://helda.helsinki.fi/items/f56abed3-eb09-48f6-a2f6-e0816090e399)

Liisa Holm: Dali server: structural unification of protein families. Nucleic Acids Res. 50(W1): 210-215 (2022)
(προσπελάσιμο από https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9252788/)

και προφανώς τα tutorials του εργαλείου:

http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial.pdf
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial2022.pdf

και η ιστοσελίδα με σχετικές αναφορές: http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ 25.6.2025-26.6.2025

Fri, 23 May 2025 15:40:28 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

ΟΙ ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΟΎΝ 25.6-26.6.2025 (όποια ομάδα θέλει συγκεκριμένη ημερομηνία H ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΗ ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ ΛΌΓΩ ΕΞΕΤΑΣΕΩΝ ΣΕ ΑΛΛΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ, πρέπει να στείλει email σε makri@ceid.upatras.gr και να το αναφέρει στην εργασία της) . ΣΥΝΕΠΩΣ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΘΑ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS ΜΕΧΡΙ ΚΑΙ 22.6 (έχουν ενεργοποιηθεί οι δύο σχετικοί κατάλογοι).

ΑΝΑΛΥΤΙΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΑΝΑ ΟΜΑΔΑ ΘΑ ΒΓΕΙ ΣΤΙΣ 23.6 (ΑΦΟΥ ΕΧΟΥΝ ΑΝΑΡΤΗΘΕΙ (22.6) ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΑΠΟ ΚAΘE OMAΔΑ ΣΤΟ E_CLASS.

ΕΠΙΣΗΜΑΙΝΩ ΕΠΙΣΗΣ ΟΤΙ στην περίπτωση που ο χώρος του e_class (https://eclass.upatras.gr/courses/CEID1047/) δεν επαρκεί για ανάρτηση των εργασιών υπάρχει και η επιλογή της αποστολής εργασίας με email στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr. ΚΑΙ ΣΤΙΣ ΔΥΟ ΠΕΡΙΠΤΩΣΕΙΣ Η ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΑ ΑΠΟΣΤΟΛΗΣ ΕΙΝΑΙ 22.6.

ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ ΕΞΕΤΑΖΕΤΑΙ ΠΕΡΙΠΟΥ 40-45 ΛΕΠΤΑ ΚΑΙ ΠΙΟ ΑΝΑΛΥΤΙΚΑ (ΑΝΤΙΓΡΑΦΩ ΑΠΟ ΤΟ E_CLASS ΕΠΙΛΟΓΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ): Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματος και θα είναι διάρκειας 40-45 λεπτά για κάθε ομάδα (10-20 λεπτά παρουσίαση των δύο εργασιών, 25-30 λεπτά προφορική εξέταση στις σημειώσεις του μαθήματος). Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.. Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint. Βαθμολογική συνεισφορά εργασιών: υπενθυμίζεται ότι το πρώτο σύνολο εργασιών συνεισφέρει κατά 30% στη συνολική βαθμολογία, το δεύτερο σύνολο εργασιών 30% επίσης, και η τελική προφορική εξέταση στις σημειώσεις συνεισφέρει κατά 40%.).

Η ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΚΑΙ ΑΠΟΣΤΟΛΗ ΤΩΝ ΕΡΓΑΣΙΩΝ ΘΑ ΕΙΝΑΙ ΣΕ ΚΕΙΜΕΝΑ ΜΟΡΦΗΣ .doc (.docx) (προτιμητέο) ή pdf KAI ΣΕ ΚΑΘΕ ΑΡΧΕΙΟ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΦΕΡΕΤΕ ΟΝΟΜΑ ΚΑΙ ΕΠΩΝΥΜΟ ΤΩΝ ΔΥΟ ΜΕΛΩΝ ΤΗΣ ΟΜΑΔΑΣ ΚΑΘΩΣ ΚΑΙ ΤΟΥΣ ΑΡΙΘΜΟΥΣ ΜΗΤΡΩΩΝ.

ΥΠΟΒΑΛΛΕΙ ΜΟΝΟ ΕΝΑΣ ΑΠΟ ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ.

Για την περίπτωση της πρώτης εργασίας μπορείτε να ανεβάσετε και συνοδευτικά αρχεία (.pdb, κώδικες, κ.λ.π) που έχετε χρησιμοποιήσει/αναπτύξει,

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(Τελευταία υπενθύμιση) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας

Thu, 29 May 2025 16:31:06 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

ολοκληρώθηκε η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Διόρθωση μερικών links στην πρώτη άσκηση (Αlphafold, ESMfold) πρώτης εργασίας

Fri, 11 Apr 2025 10:31:53 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στην πρώτη άσκηση της πρώτης εργασίας υπήρχσν μικρά λάθη σε κάποια links και ένα εσφαλμένο (είχε μείνει από σφάλμα σε σχετική αναζήτηση) link (αντικαταστάθηκε με άλλο) για τα εργαλεία Alphafold και ESMfold.

Τα λάθη αυτά έχουν διορθωθεί. Κοιτάξτε την επικαιροποιημένη εκφώνηση που έχει αναρτηθεί.

ΕΠΙΣΗΜΑΙΝΩ ΟΤΙ ΥΠΑΡΧΕΙ ΚΑΙ Η ΔΥΝΑΤΟΤΗΤΑ ΝΑ ΠΡΟΣΘΕΣΕΤΕ/ΑΝΑΠΤΥΞΕΤΕ ΚΑΙ PAPERS ΠΟΥ ΘΑ ΒΡΕΙΤΕ ΟΙ ΙΔΙΟΙ,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Aνακοίνωση πρώτης εργασίας Βιοπληροφορικής 2024-25 και ώρα αποριών (Δευτέρα 19:15-21:00, στο Υ/Κ)

Mon, 10 Mar 2025 22:47:11 +0300

Αγαπητοί/'ές Φοιτητές/τριες,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε και το πρώτο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2024-25.Το πρώτο σύνολο ασκήσεων είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση βιολογιοκών ακολουθιών. Για την Biopython και τα ερωτήματα στα οποία ζητείται θα γίνει ενημέρωση από τον κ. Καλογερόπουλο, την ώρα του αντίστοιχου φροντιστηρίου.

Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ολόκληρο και η αναφορά θα είναι ένα .zip αρχείο το οποίο θα περιέχει ένα .doc αρχείο με τις απαντήσεις σας σε κάθε ερώτημα και το σύνολο βοηθητικών αρχείων (αν υπάρχουν) που προσπελάσατε/δημιουργήσατε για να την εργασία.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ANAKOINΩΣΗ ΔΕΥΤΕΡΟΥ ΣΥΝΟΛΟΥ ΕΡΓΑΣΙΩΝ (ΤΟ ΠΡΩΤΟ ΘΑ ΑΝΑΚΟΙΝΩΘΕΙ ΜΕΧΡΙ ΔΕΥΤΕΡΑ 10.3.2025) ΚΑΙ ΩΡΑ ΑΠΟΡΙΩΝ (ΔΕΥΤΕΡΑ 19:15-21:00, στο Υ/Κ)

Wed, 05 Mar 2025 19:07:18 +0300

Aγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε το δεύτερο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2024-25 που συνίσταται σε μία συλλογή θεμάτων καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε 3-4 papers τα οποία αναλαμβάνει κάθε ομάδα να αναλύσει (ένα θέμα η κάθε ομάδα).

Το πρώτο σύνολο ασκήσεων θα καθυστερήσει λίγο και θα ανακοινωθεί μεχρι την Δευτέρα 10.3 και θα είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση συμβολοσειρών και μελέτη εργαλείων προσπέλασης βιολογικών βάσεων δεδομένων). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ολόκληρο.

Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία).

Η δήλωση εργασίας, για το δεύτερο project (δηλώνετε ΜΕ ΣΕΙΡΑ ΠΡΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΡΕΙΣ ΕΠΙΛΟΓΕΣ), θα πρέπει να γίνει με e-mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr, από 9.3.2025 μέχρι τις 30.3.2025. Η ανάθεση της δεύτερης εργασίας και η αντίστοιχη διανομή υλικού θα πραγματοποιηθούν από μένα με e_mail (το αργότερο μέσα σε μία εβδομάδα από την λήψη του email).

Επισημαίνεται ότι στο eclass έχει δημιουργηθεί ομάδα για όσους φοιτητές ψάχνουν για συνεργάτες στην άσκηση.

Tέλος κάθε Δευτέρα 19:15-21:00 θα υπάρχει ώρα συνάντησης στο Υπολογιστικό κέντρο (δέυτερος όροφος νέου κτιρίου, 1.Α.12) για όσους φοιτητές έχουν απορίες σχετικά με το/τα projectς.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Aναπλήρωση Μαθήματος θεωρίας Βιοπληροφορικής 5.3.2025, 16:10-18:10 Δ1

Fri, 28 Feb 2025 17:25:09 +0300

Αγαπητοί/ές φοιτητές/τριες,

Λόγω της αργίας της Καθαράς Δευτέρας, την επόμενη Tετάρτη, 5.3.2025, 16:10-18:10 (ΣΤΗ Δ1) θα γίνει μάθημα θεωρίας Βιοπληροφορικής, αντί για το φροντιστήριο (ξεκιναμε 16:10 γιατί αμέσως πριν συμμετέχω σε άλλο μάθημα στο δεύτερο έτος,).

Πιθανότατα οι δύο ασκήσεις του μαθήματος να είναι έτοιμες οπότε θα μιλήσουμε και για αυτές.

Το φροντιστήριο που χάνεται θα αναπληρωθεί σε συνεννόηση με τον κ. Καλογερόπουλο,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΕΝΑΡΞΗ ΔΙΑΛΕΞΕΩΝ ΣΤΟ ΜΑΘΗΜΑ "EIΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ", 17.2.2025

Fri, 14 Feb 2025 19:52:30 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

Οι διαλέξεις του μαθήματος "EIΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ" διεξάγονται κάθε Δευτέρα 17:00 - 19:00 (θεωρία) και κάθε Τετάρτη 16:00-18:00 (φροντιστήριο), στην αίθουσα Δ1, και θα ξεκινήσουν την Δευτερα, 17/2,

εκ των διδασκόντων,
Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Ανάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής Ιανουάριος-Φεβρουάριος 2025

Mon, 10 Feb 2025 18:37:55 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί Ιανουαρίου-Φεβρουαρίου 2025 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Ελέγξτε τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Παρασκευή 14.2, 11:00-12:00 στο γραφείο μου,

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(ορθή επανάληψη) ANAΡΤΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΡΟΦΟΡΙΚΗ ΙΑΝΟΥΑΡΙΟΣ-ΦΕΒΡΟΥΑΡΙΟΣ 2025

Sat, 01 Feb 2025 22:39:09 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στα έγγραφα στο e_class ανακοινώθηκε το πρόγραμμα ΠΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗΣ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, για τις εξετάσεις Ιανουαρίου-Φεβρουαρίου 2025

Η εξέταση γίνεται Δευτέρα 3.2 στο γραφείο μου (1ος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής), και είναι διάρκειας 45 λεπτά ανά ομάδα (από 13:00 έως 18:15).

ΟΣΟΙ ΔΕΝ ΔΟΥΝ ΤΟΥΣ ΑΡΙΘΜΟΥΣ ΜΗΤΡΩΩΝ ΤΟΥΣ (Η ΥΠΆΡΧΕΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑ ΜΕ ΤΗΝ ΜΕΡΑ/ΩΡΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΤΟΥΣ) ΝΑ ΣΤΕΙΛΟΥΝ e_mail στη διεύθυνση: makri@ceid.upatras.gr

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ 3.2.2025

Fri, 31 Jan 2025 11:17:27 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

ΟΙ ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΟΥΝ 3.2.2025, 10:00-... ΣΥΝΕΠΩΣ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΘΑ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS ΜΕΧΡΙ ΚΑΙ 31.1.

Οι εξετάσεις θα πραγματοποιηθούν στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, αίθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, κοντά στη Γραμματεία και στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 1.2 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης και της 1ης εργασίας που ορίζεται για τις 31.1 (όσες όμάδες θέλουν συγκεκριμένη ώρα εξέτασης να στείλουν email με το αίτημά τους)

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΡΤΟΥΝΤΑΙ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ (ΕΠΙΛΟΓΗ ΕΡΓΑΣΙΕΣ).

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

Ανάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής Σεπτέμβριος 2024 (ορθή επανάληψη -- 16:00-17:00)

Fri, 20 Sep 2024 11:56:51 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί Σεπτεμβρίου 2024 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Ελέγξτε τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Παρασκευή 20.9, 16:00-17:00 στο γραφείο μου,

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

AΝΑΡΤΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΡΟΦΟΡΙΚΗ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΣ 2024

Tue, 10 Sep 2024 11:34:07 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στα έγγραφα στο e_class ανακοινώθηκε το πρόγραμμα ΠΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗΣ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, για τις εξετάσεις Σεπτεμβρίου 2024.

Η εξέταση γίνεται στο γραφείο μου (1ος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής), και είναι διάρκειας 45 λεπτά ανά ομάδα.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ 2024 (12.9-13.9), ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΕΡΓΑΣΙΩΝ ΜΕΧΡΙ 9.9, ΔΙΑΝΟΜΗ ΥΛΙΚΟΥ

Sat, 27 Jul 2024 08:05:51 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

οι προφορικές εξετάσεις στην εξέταση Σεπτ. 2024, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν στις 12.9 (και ίσως και 13.9) , στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, αίθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, κοντά στη Γραμματεία και στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 10.9 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης και της 1ης εργασίας που ορίζεται για τις 9.9 (όσες όμάδες θέλουν συγκεκριμένη ώρα εξέτασης να στείλουν email με το αίτημά τους)

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΡΤΟΥΝΤΑΙ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ (ΕΠΙΛΟΓΗ ΕΡΓΑΣΙΕΣ).

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

ΕΠΙΣΗΜΑΙΝΕΤΑΙ ΕΠΙΣΗΣ OTI ΟΣΕΣ ΟΜΑΔΕΣ ΕΧΟΥΝ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΜΕΤΑ ΤΗΝ ΕΞΕΤΑΣΤΙΚΗ ΙΟΥΝΙΟΥ, ΓΙΑ ΔΙΑΝΟΜΗ ΥΛΙΚΟΥ 2ΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ, ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΟΥΝ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr,

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

Οριστικοποίηση βαθμολογίας Εισαωγή στη Βιοπληροφορική στο progress

Mon, 15 Jul 2024 15:37:03 +0300

Σήμερα (15.7) οριστικοποιήθηκε στο progress η βαθμολογία στο μάθημα Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

(ορθή επανάληψη) Ανάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής Ιούνιος/Ιούλιος 2024

Tue, 09 Jul 2024 17:07:56 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί Ιουνίου/Ιουλίου 2024 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Ελέγξτε τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Τετάρτη 10.7 10:00-11:00 στο γραφείο μου,

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΡΟΦΟΡΙΚΗ IOYNIOΣ 2024

Sat, 22 Jun 2024 13:53:44 +0300

Αγαπητοί/'ες Φοιτητές/τριες,

στα έγγραφα στο e_class ανακοινώθηκε το πρόγραμμα ΠΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗΣ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ.

Η εξέταση γίνεται στο γραφείο μου (1ος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, 1.Α.12), και είναι διάρκειας 45 λεπτά ανά ομάδα.

Εισακούστηκαν όλα τα αιτήματα ομάδων για μέρα/ώρα εξέτασης εκτός από εκείνα που αφορούσαν τις 25.6 γιατί την είχαν ζητήσει ήδη πολλές ομάδες και οι θέσεις ήταν περιορισμένες καθώς 09:00-12:00 και 18:00-21:00 στις 25.6 υπάρχει υποχρέωσή μου στην εξέταση δύο άλλων μαθημάτων,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Έκτακτο (29.5, 14:00) ωριαίο Φροντιστήριο Βιοπληροφορικής

Wed, 29 May 2024 16:08:48 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

την Παρασκευή 29.5, 14:00 στην αίθουσα Δ2, θα γίνει ωριαίο φροντιστήριο με τον κ. Καλογερόπουλο, για επίλυση αποριών στην ύλη,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(αναπλήρωση) ΦΡΟΝΤΙΣΤΗΡΙΟ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΠΕΜΠΤΗ 23.5, Δ1 ΣΤΙΣ 15:00

Mon, 20 May 2024 18:21:02 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

σύμφωνα με απόφαση του Πρυτανικού Συμβουλίου του ΠΠ, την Τετάρτη 22 Μαΐου 2024, ημέρα διενέργειας των φοιτητικών εκλογών, "δεν θα πραγματοποιηθούν μαθήματα, εργαστηριακές, φροντιστηριακές ασκήσεις, προκειμένου να δοθεί η δυνατότητα στους φοιτητές να ασκήσουν το εκλογικό τους δικαίωμα".

Όπως είπαμε συνεπώς και σήμερα, στην αρχή του μαθήματος θεωρίας, το φροντιστήριο Βιοπληροφορικής που ήταν προγραμματισμένο για Τετάρτη 22.5 ΜΕΤΑΤΙΘΕΤΑΙ ΓΙΑ ΠΕΜΠΤΗ 23.5 ΣΤΙΣ 15:00 ΣΤΗΝ ΑΙΘΟΥΣΑ Δ1,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Διαλέξεις κ. Μεγαλοοικονόμου 13.5. στις 20.5

Mon, 13 May 2024 12:39:33 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

Επισημαίνω επίσης ότι όπως είπαμε από την αρχή του εξαμήνου οι δύο επόμενες διαλέξεις θεωρίας (Δευτέρα 13.5 και Δευτέρα 20.5) θα γίνουν από τον κ. Μεγαλοοικονόμου πάνω σε θέματα δομικής υπολογιστικής βιολογίας ,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ 25.6.2024-27.6.2024

Tue, 18 Jun 2024 18:21:16 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

ΟΙ ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΟΎΝ 25.6-27.6.2024 (όποια ομάδα θέλει συγκεκριμένη ημερομηνία πρέπει να στείλει email σε makri@ceid.upatras.gr και να το αναφέρει στην εργασία της -- 24. 6 είναι αργία και δεν γίνονται εξετάσεις) . ΣΥΝΕΠΩΣ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΘΑ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS ΜΕΧΡΙ ΚΑΙ 21.6 (έχουν ενεργοποιηθεί οι δύο σχετικοί κατάλογοι).

ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ ΘΑ ΕΞΕΤΑΖΕΤΑΙ 40-45 ΛΕΠΤΆ ΣΤΟ ΓΡΑΦΕΙΟ ΜΟΥ (πρώτος όροφος νέου κτιρίου τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, https://www.ceid.upatras.gr/sites/default/files/pages/building-map_1.pdf) , ΚΑΙ ΑΝΑΛΥΤΙΚΟ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΑΝΑ ΟΜΑΔΑ ΘΑ ΒΓΕΙ ΣΤΙΣ 22.6 (ΑΦΟΥ ΕΧΟΥΝ ΑΝΑΡΤΗΘΕΙ (21.6) ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΑΠΟ ΚAΘE OMAΔΑ ΣΤΟ E_CLASS).

ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ ΕΞΕΤΑΖΕΤΑΙ ΠΕΡΙΠΟΥ 40-45 ΛΕΠΤΑ ΚΑΙ ΠΙΟ ΑΝΑΛΥΤΙΚΑ (ΑΝΤΙΓΡΑΦΩ ΑΠΟ ΤΟ E_CLASS ΕΠΙΛΟΓΗ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ): Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματος και θα είναι διάρκειας Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματος και θα είναι διάρκειας 40-45 λεπτά για κάθε ομάδα (10-20 λεπτά παρουσίαση των δύο εργασιών, 25-30 λεπτά προφορική εξέταση στις σημειώσεις του μαθήματος). Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.. Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint. Βαθμολογική συνεισφορά εργασιών: υπενθυμίζεται ότι το πρώτο σύνολο εργασιών συνεισφέρει κατά 30% στη συνολική βαθμολογία, το δεύτερο σύνολο εργασιών 30% επίσης, και η τελική προφορική εξέταση στις σημειώσεις συνεισφέρει κατά 40%.).

ΥΠΟΒΑΛΛΕΙ ΜΟΝΟ ΕΝΑΣ ΑΠΟ ΚΑΘΕ ΟΜΑΔΑ.

Mε εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Πρόβλημα (λόγω αποστολής σε spam) υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας και ενδεικτικό template

Thu, 09 May 2024 15:13:26 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες Χρόνια Πολλά και Χριστός Ανέστη,

ολοκληρώθηκε η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

Παρατηρήθηκε ότι μερικές ομάδες βρήκαν τα emails που τους έστειλα στο spam (Ανεπιθύμητα) και το ίδιο συνέβει και σε μένα για μερικά μηνύματα φοιτητών.

ΣΥΝΕΠΩΣ ΟΣΕΣ ΟΜΑΔΕΣ ΕΧΟΥΝ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΟΥΝ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr
και να ελέγξουν και το spam folder τους μην υπάρχει εκεί το υλικό.

Τέλος υπενθυμίζω ότι έχει αναρτηθεί στα έγγραφα του eclass (https://eclass.upatras.gr/modules/document/file.php/CEID1047/Template_Report.docx) ένα “template” για την αναφορά της δεύτερης εργασίας (όχι υποχρεωτικό, η κάθε ομάδα μπορεί να δομήσει την αναφορά της όπως νομίζει καλύτερα – αλλά ενδεικτικό),

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας και ευχές για το Πάσχα

Sat, 27 Apr 2024 17:22:40 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

συνεχίζεται η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

ΟΣΕΣ ΟΜΑΔΕΣ ΕΧΟΥΝ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΟΥΝ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr.

Ενόψει των ολιγοήμερων διακοπών, εύχομαι σε εσάς και τις οικογένειές σας Καλό Πάσχα, Καλή Ανάσταση και με υγεία!!!

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Βοηθητικό υλικό για ερώτημα 2(ii) της πρώτης εργασίας (συγκριση δομών πρωτεινών)

Tue, 09 Apr 2024 09:49:55 +0300

Aγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες

(μετα και από ερώτηση συμφοιτητή σας) επισημαίνω ότι στο ερώτημα 2(ii) της πρώτης εργασίας υπάρχει το ερωτημα: "Στη συνέχεια συγκρίνετε τις δομές των δύο πρωτεινών χρησιμοποιώντας το εργαλείο Dali στην ηλεκτρονική διεύθυνση http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/."

Για το εργαλείο Dali δύο πολύ καλές αναφορές είναι οι (ιδίως η πρώτη ειναι πολύ αναλυτική) :

Liisa Holm: Dali server: structural unification of protein families. Nucleic Acids Res. 50(W1): 210-215 (2022)
(προσπελάσιμο από https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9252788/)

και προφανώς τα tutorials του εργαλείου:

http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial.pdf
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial2022.pdf

και η ιστοσελίδα με σχετικές αναφορές: http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/

Eπίσης (το έχω προσθέσει αυτό στην εκφώνηση σαν επιπλέον χωρίς βαθμολογική συνεισφορά μελέτη) στο διαδικτυακό τόπο https://biologicalmodeling.org/coronavirus/home μπορείτε να βρείτε απαντήσεις σε παραπλήσια (όχι όμως ίδια ερωτήματα). Εκεί, στον ίδιο δικτυακό τόπο, υπάρχει και σχετικό υλικό για αλγορίθμους συγκρισης δομών πρωτεινών: https://biologicalmodeling.org/coronavirus/accuracy.
Το υλικό αυτό σας επιτρέπει να χρησιμοποιήσετε, ΑΝ ΘΕΛΕΤΕ, και άλλα εργαλεία για σύγκριση δομών πρωτείνων, εκτός του Dali.

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας -- εβδομαδιαίες ώρες ενημέρωσης για projects

Sat, 15 Mar 2025 13:23:10 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

συνεχίζεται η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

Επισημαίνεται επίσης ότι κάθε Δευτέρα 19:15-21:00 θα είμαι στο χώρο του Υ/Κ ((δεύτερος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής, ατυπες ώρες γραφείου/εργαστηρίου) για όσες ομάδες έχουν απορίες πως να κινηθούν στο υλικό των project τους, και για όσες ομάδες θέλουν να δουλέψουν στο Υ/Κ εκείνη την ώρα το project τους

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΣΧΕΤΙΚΑ ΜΕ ΤΗΝ ΑΙΘΟΥΣΑ ΤΟΥ ΦΡΟΝΤΙΣΤΗΡΙΟΥ (ΤΕΤΑΡΤΗ 15:00-17:00) - Δ2

Sat, 23 Mar 2024 20:45:59 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

επισημαίνεται ότι όπως αναφέρεται και στο eclass και στο Πρόγραμμα Μαθημάτων του Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής η αίθουσα του φροντιστηρίου είναι η Δ2 (στο πρόγραμμα του Τμήματος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Τεχνολογίας Υπολογιστών αναφέρεται εκ παραδρομής η αίθουσα Δ1),

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση-αναπλήρωση) Μάθημα θεωρίας 26.3.2024, 19:00-21:00 στην Δ2 και δεύτερη/πρώτη εργασία

Sun, 24 Mar 2024 18:45:34 +0300

Αγαπητοί/ές φοιτητές/τριες

όπως συζητήσαμε, λόγω της αργίας της 25ης Μαρτίου, θα γινει την Tρίτη, 26.3.2024, 19:00-21:00 (στη αίθουσα Δ2) αναπλήρωση μαθήματος θεωρίας Βιοπληροφορικής, στο οποίο θα δούμε και απορίες επί της δεύτερης και οδηγίες επίλυσης επί της πρώτης εργασίας

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση-αναπλήρωση) Μάθημα θεωρίας 19.3.2024, 19:00-21:00. στην Δ2 και πρώτη εργασία

Sun, 17 Mar 2024 18:56:45 +0300

Αγαπητοί/ές φοιτητές/τριες

όπως συζητήσαμε, λόγω της αργίας της Καθαράς Δευτέρας, θα γινει την Tρίτη, 19.3.2024, 19:00-21:00 (στη Δ2) αναπλήρωση μαθήματος θεωρίας Βιοπληροφορικής, στο οποίο θα δούμε και απορίες/οδηγίες επίλυσης, επί της πρώτης εργασίας

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Φροντιστήριο (διά ζώσης) Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική 13.3

Tue, 12 Mar 2024 20:48:38 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

όπως έχετε ενημερωθεί η κατάληψη του νέου κτιρίου έχει λήξει οπότε το αυριανό (13.3) φροντιστήριο για το μάθημα Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική θα γίνει διά ζώσης στην αίθουσα Δ2 (νέο κτίριο ΤΜΗΥΠ https://www.ceid.upatras.gr/sites/default/files/pages/building-map_0.pdf), 15:00-17:00.

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Aνακοίνωση εργασιών Βιοπληροφορικής 2023-24 και ΚΑΙ ΩΡΑ ΑΠΟΡΙΩΝ (ΔΕΥΤΕΡΑ 19:15-21:00, στο Υ/Κ)

Thu, 28 Mar 2024 12:08:01 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκαν τα δύο πρώτα σύνολα εργασιών για το ακαδημαϊκό έτος 2023-24.Το πρώτο σύνολο ασκήσεων είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση βιολογιοκών ακολουθιών και το δεύτερο μία συλλογή από θέματα καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε 3-4 papers τα οποία αναλαμβάνει κάθε ομάδα να αναλύσει (ένα θέμα η κάθε ομάδα).

Για τις εργασίες θα μιλήσουμε πάλι/οριστικοποιήσουμε στο επόμενο μάθημα θεωρίας (19.3).

Η δήλωση εργασίας, για το δεύτερο project (δηλώνετε ΜΕ ΣΕΙΡΑ ΠΡΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΡΕΙΣ ΕΠΙΛΟΓΕΣ ΘΕΜΑΤΩΝ ΕΡΓΑΣΙΩΝ), θα πρέπει να γίνει με e-mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr, μέχρι 31.3. Η ανάθεση της δεύτερης εργασίας και η αντίστοιχη διανομή υλικού θα πραγματοποιηθούν από μένα με e_mail (το αργότερο μέσα σε μία εβδομάδα από την λήψη του email).

Ημερομηνία παράδοσης και των δύο εργασιών είναι τρεις μέρες πριν την ημερομηνία εξέτασης του μαθήματος (οι εργασίες θα πρέπει να ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS KAI NA σταλούν μέχρι τότε, με e_mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr). Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers της εργασίας που έχετε επιλέξει (επιπλέον βιβλιογραφικό υλικό από εσας πάνω στο αντικείμενο των papers θα προσμετρηθεί θετικά). Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματο. Στη διάρκεια της παρουσίασης τους μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

Επισημαίνεται ότι στο eclass έχει δημιουργηθεί ομάδα για όσους φοιτητές ψάχνουν για συνεργάτες στην άσκηση.

Tέλος κάθε Δευτέρα 19:15-21:00 θα υπάρχει ώρα συνάντησης στο Υπολογιστικό κέντρο (δεύτερος όροφος νέου κτιρίου) για όσους φοιτητές έχουν απορίες σχετικά με το/τα projectς.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΕΝΑΡΞΗ ΔΙΑΛΕΞΕΩΝ ΣΤΟ ΜΑΘΗΜΑ "EIΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ", 19.2.2024

Sun, 18 Feb 2024 11:08:01 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

Οι διαλέξεις του μαθήματος "EIΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ" διεξάγονται κάθε Δευτέρα 17:00 - 19:00 (θεωρία) και κάθε Τετάρτη 15:00-17:00 (φροντιστήριο) και θα ξεκινήσουν την Δευτερα, 19/2 διαδικτυακά, με χρήση του εργαλείου zoom.

Για τη χρήση του zoom ως φοιτητές του Πανεπιστημίου Πατρών επισκεφτείτε την σελιδα https://my.upatras.gr/docs/zoom/odigos-chrisis-tis-ypiresias-zoom-gia-foitites/ .

Τo link σύνδεσης είναι το:

https://upatras-gr.zoom.us/j/98816246753?pwd=TTlQM2ZZY1Y4MTRqUkp3VHVkL2Zxdz09

Meeting ID: 988 1624 6753
Passcode: 887513

εκ των διδασκόντων,
Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(Δευτέρα 12.2, 17:00) ΔΙΑΔΙΚΤΥΑΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Sun, 11 Feb 2024 21:54:18 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

οι διαδικτυακές εξετάσεις για το μάθημα ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ θα πραγματοποιηθούν, Δευτέρα 12.2.2024, 17:00-18:00 μέσω zoom, στο διαδικτυακό link:

https://upatras-gr.zoom.us/j/91009454097?pwd=TW9SOEtLQmNCK1A4aUp0dFNCbjFmQT09

Meeting ID: 910 0945 4097
Passcode: 350097

Οι εξετάσεις είναι προφορικές, και πρέπει να είστε συνδεδεμενοι από τις 17:00,

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Εξετάσεις επί Διπλώματι Ιαν/Φεβ. 2024 Βιοπληροφορικής ΤΕΤΑΡΤΗ 7.2.2024

Sat, 03 Feb 2024 17:19:31 +0300

Αγαπητοι Φοιτητές,

Οι προφορικές εξετάσεις στην επί Διπλώματι Ιαν./Φεβ. 2024, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν τη Tετάρτη 7/2/2024, 10:00-18:00, στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, άιθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, ακριβώς απέναντι από τη Γραμματεία, δίπλα στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 5.2.2024 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης (και όσοι θέλουν και της πρώτης) εργασίας που ορίζεται για τις 4/2/2024. (όσες όμάδες θέλουν συγκεκριμένη ώρα εξέτασης να στείλουν email με το αίτημά τους)

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΡΤΟΥΝΤΑΙ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ (ΕΠΙΛΟΓΗ ΕΡΓΑΣΙΕΣ -- ΥΠΑΡΧΟΥΝ ΗΔΗ ΕΝΕΡΓΟΙ ΔΥΟ ΦΑΚΕΛΟΙ).

Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers που έχετε επιλέξει, ενώ της πρώτης η απάντηση του συνόλου των ερωτημάτων.

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

Tέλος ΕΠΙΣΗΜΑΙΝΕΤΑΙ OTI ΑΝ ΚΑΠΟΙΑ ΟΜΑΔΑ ΕΧΕΙ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΜΕΤΑ ΤΗΝ ΕΞΕΤΑΣΤΙΚΗ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ, ΓΙΑ ΔΙΑΝΟΜΗ ΥΛΙΚΟΥ 2ΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ, ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΕΙ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΕΙ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr,

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

Ανάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής Σεπτέμβριος 2023

Tue, 19 Sep 2023 13:58:12 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί Σεπτεμβρίου 2023 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Ελέγξτε τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Παρασκευή 22.9, 17:00-18:00 στο γραφείο μου,

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΡΟΦΟΡΙΚΗ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΣ 2023

Wed, 13 Sep 2023 09:50:10 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

στα έγγραφα στο e_class ανακοινώθηκε το πρόγραμμα ΠΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗΣ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, για τις εξετάσεις Σεπτεμβρίου 2023.

Η εξέταση γίνεται στο γραφείο μου (1ος όροφος νέου κτιρίου Τμήματος Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής), και είναι διάρκειας 40 λεπτά ανά ομάδα.

ΟΣΟΙ ΔΕΝ ΔΟΥΝ ΤΟΥΣ ΑΡΙΘΜΟΥΣ ΜΗΤΡΩΩΝ ΤΟΥΣ (Η ΥΠΆΡΧΕΙ ΠΡΟΒΛΗΜΑ ΜΕ ΤΗΝ ΜΕΡΑ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΤΟΥΣ) ΝΑ ΣΤΕΙΛΟΥΝ e_mail στη διεύθυνση: makri@ceid.upatras.gr

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) ΠΡΟΦΟΡΙΚΕΣ ΕΞΕΤΑΣΕΙΣ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟΥ 2023 (15.9), ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΕΡΓΑΣΙΩΝ ΜΕΧΡΙ 12.9, ΔΙΑΝΟΜΗ ΥΛΙΚΟΥ

Sun, 03 Sep 2023 19:59:00 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

οι προφορικές εξετάσεις στην εξέταση Σεπτ. 2023, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν την Παρασκευή 15.9.2023, 10:00-18:00, στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, αίθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, κοντά στη Γραμματεία και στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 13.9 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης και της 1ης εργασίας που ορίζεται για τις 12.9.2023 (όσες όμάδες θέλουν συγκεκριμένη ώρα εξέτασης να στείλουν email με το αίτημά τους)

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΑΝΑΡΤΟΥΝΤΑΙ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ (ΕΠΙΛΟΓΗ ΕΡΓΑΣΙΕΣ).

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

Οριστικοποίηση βαθμολογίας Εισαγωγής στη Βιοπληροφορική

Fri, 07 Jul 2023 12:53:51 +0300

Οριστικοποιήθηκε η βαθμολογία και τις επόμενες 1-2 μέρες θα πάει στη γραμματεία,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Ανάρτηση βαθμολογίας Βιοπληροφορικής Ιούνιος/Ιούλιος 2023

Tue, 04 Jul 2023 13:24:03 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

στο progress έχουν αναρτηθεί οι ΣΥΝΟΛΙΚΟΙ βαθμοί Ιουνίου/Ιουλίου 2023 για το μάθημα βιοπληροφορικής. Ελέγξτε τον βαθμό σας και όποιος φοιτητής έχει απορία και θέλει να τσεκάρει τις επιμέρους βαθμολογίες να επικοινωνήσει μαζί μου την Πέμπτη 6.7 10:00-11:00 στο γραφείο μου,

Mε εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΟΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΡΟΦΟΡΙΚΗ 2023

Tue, 27 Jun 2023 07:42:49 +0300

Αγαπητοί/'ες Φοιτητές/τριες,

στα έγγραφα στο e_class ανακοινώθηκε το πρόγραμμα ΠΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΕΞΕΤΑΣΗΣ ΕΙΣΑΓΩΓΗΣ ΣΤΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας – ενδεικτικό (όχι υποχρεωτικό) “template” για δεύτερη εργασία

Sun, 21 May 2023 13:55:24 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

συνεχίζεται η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

ΟΣΕΣ ΟΜΑΔΕΣ ΕΧΟΥΝ ΣΤΕΙΛΕΙ E_MAIL ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΧΟΥΝ ΛΑΒΕΙ ΑΚΟΜΑ ΥΛΙΚΟ ΜΕΛΕΤΗΣ, ΝΑ ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΟΥΝ ΑΜΕΣΑ ΜΕ ΑΠΟΣΤΟΛΗ E_MAIL ΣΕ makri@ceid.upatras.gr,

Επίσης μετά από email συμφοιτητών σας έχω αναρτήσει στα έγγραφα του eclass ένα “template” για την αναφορά της δεύτερης εργασίας (όχι υποχρεωτικό, η κάθε ομάδα μπορεί να δομήσει την αναφορά της όπως νομίζει καλύτερα – αλλά ενδεικτικό),

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Aναπλήρωση μαθήματος θεωρίας κ. Μεγαλοοικονόμου, 22.5. στις 26.5

Thu, 25 May 2023 12:59:34 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

όπως ενημερωθήκατε από τη Γραμματεία " το Πρυτανικό Συμβούλιο αποφάσισε ομόφωνα ότι τη Δευτέρα 22 Μαΐου 2023 δεν θα πραγματοποιηθούν μαθήματα, εργαστηριακές, κλινικές, φροντιστηριακές ασκήσεις και εκπαιδευτικές ασκήσεις υπαίθρου, προκειμένου να διευκολυνθούν οι φοιτητές (προπτυχιακοί και μεταπτυχιακοί) του Ιδρύματος για την άσκηση του εκλογικού τους δικαιώματος" συνεπώς το μάθημα θεωρίας 22.5 δεν θα πραγματοποιηθεί.

ΤΟ ΜΑΘΗΜΑ ΘΕΩΡΙΑΣ ΘΑ ΑΝΑΠΛΗΡΩΘΕΙ την Παρασκευή 26.5, 13:00-15:00 από τον κ. Μεγαλοοικονόμου στην αίθουσα Δ1.

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Διαλέξεις κ. Μεγαλοοικονόμου και Aναπλήρωση Φροντιστηρίου 10.5. στις 16.5

Sun, 14 May 2023 15:33:36 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

όπως συζητήσαμε στο μάθημα, το φροντιστήριο που δεν πραγματοποιήθηκε λόγω φοιτητικών εκλογών την Τετάρτη 10.5, ΘΑ ΑΝΑΠΛΗΡΩΘΕΙ την Τρίτη 16.5, 13:00-15:00 από τον κ. Καλογερόπουλο στην αίθουσα Δ2.

Επισημαίνω επίσης ότι όπως είπαμε από την αρχή του εξαμήνου οι δύο επόμενες διαλέξεις θεωρίας (Δευτέρα 15.5 και Δευτέρα 22.5) θα γίνουν από τον κ. Μεγαλοοικονόμου πάνω σε θέματα δομικής υπολογιστικής βιολογίας ,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Βοηθητικό υλικό για ερώτημα 3(ii) της πρώτης εργασίας (συγκριση δομών πρωτεινών)

Sun, 18 Jun 2023 23:39:30 +0300

Aγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες

στο ερώτημα 3(ii) της πρώτης εργασίας υπάρχει το ερωτημα: "Στη συνέχεια συγκρίνετε τις δομές των δύο πρωτεινών χρησιμοποιώντας το εργαλείο Dali στην ηλεκτρονική διεύθυνση http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/."

Για το εργαλείο Dali δύο πολύ καλές αναφορές είναι οι (ιδίως η πρώτη ειναι πολύ αναλυτική) :

Liisa Holm: Dali server: structural unification of protein families. Nucleic Acids Res. 50(W1): 210-215 (2022)
(προσπελάσιμο από https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9252788/)

και προφανώς τα tutorials του εργαλείου:

http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial.pdf
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial2022.pdf

και η ιστοσελίδα με σχετικές αναφορές: http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/

Eπίσης (όπως αναφέρουμε στην εκφώνηση) στο διαδικτυακό τόπο https://biologicalmodeling.org/coronavirus/home
μπορείτε να βρείτε απαντήσεις σε παραπλήσια (όχι όμως ίδια ερωτήματα). Εκεί, στον ίδιο δικτυακό τόπο, υπάρχει και σχετικό υλικό για αλγορίθμους
συγκρισης δομών πρωτεινών: https://biologicalmodeling.org/coronavirus/accuracy.
Το υλικό αυτό σας επιτρέπει να χρησιμοποιήσετε, ΑΝ ΘΕΛΕΤΕ, και άλλα εργαλεία για σύγκριση δομών πρωτείνων, εκτός του Dali.

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση για αναπλήρωση) Μάθημα θεωρίας 2.5.2023, 13:00-15:00. στην Δ2

Mon, 01 May 2023 12:12:28 +0300

Αγαπητοί/ές φοιτητές/τριες

όπως συζητήσαμε στο προηγούμενο μάθημα , λόγω της αργίας της Πρωτομαγιάς, θα γινει την Tρίτη, 2.5.2023 (αύριο), 13:00-15:00 (στη Δ2) αναπλήρωση μαθήματος θεωρίας Βιοπληροφορικής από εμένα,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

ΔΙΕΥΚΡΙΝΗΣΗ-ΔΙΟΡΘΩΣΗ ΣΤΗΝ ΕΚΦΩΝΗΣΗ ΤΟΥ ΠΡΩΤΟΥ PROJECT ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

Mon, 03 Apr 2023 20:37:43 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

επισημαίνεται, για το πρώτο project, ότι υλοποίηση σε γλώσσα προγραμματισμού απαιτεί μόνο το υποερώτημα 3.i και όχι το 4. όπως εκ παραδρομής αναφερόταν στην αρχική εκφώνηση.

Η εκφώνηση έχει διορθωθεί και στην πρώτη σελίδα της σωστής εκφώνησης αναφέρεται, ως διευκρίνηση, το σωστό: "Για την υλοποίηση (απαιτείται στο ερώτημα 3.i) μπορείτε να χρησιμοποιήσετε όποια γλώσσα προτιμάτε. Μελετήστε και την επιλογή της Biopython (https://biopython.org/, https://en.wikipedia.org/wiki/Biopython)"

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Αποστολή υλικού σε ομάδες δεύτερης εργασίας -- εβδομαδιαίες ώρες ενημέρωσης για projects

Mon, 15 May 2023 16:29:45 +0300

Αγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες,

συνεχίζεται η αποστολή υλικού σε ομάδες εργασίας για το δεύτερο project στην Εισαγωγή στην Βιοπληροφορική.

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

Aνακοίνωση πρώτης εργασίας Βιοπληροφορικής 2022-23 και ζητούμενα

Sun, 19 Mar 2023 13:13:41 +0300

Αγαπητοί/'ές Φοιτητές/τριες,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε και το πρώτο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2022-23.Το πρώτο σύνολο ασκήσεων είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση βιολογιοκών ακολουθιών. ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΩΤΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΘΑ ΜΙΛΗΣΟΥΜΕ ΣΤΗΝ ΑΡΧΗ ΤΟΥ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ THΣ ΔΕΥΤΕΡΑΣ 20.3.2023.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ANAKOINΩΣΗ ΔΕΥΤΕΡΟΥ ΣΥΝΟΛΟΥ ΕΡΓΑΣΙΩΝ (ΤΟ ΠΡΩΤΟ ΘΑ ΑΝΑΚΟΙΝΩΘΕΙ ΜΕΧΡΙ ΚΥΡΙΑΚΗ 19.3.2023) ΚΑΙ ΩΡΑ ΑΠΟΡΙΩΝ (ΔΕΥΤΕΡΑ 19:15-21:00, στο Υ/Κ)

Mon, 24 Apr 2023 20:29:23 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε το δεύτερο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2022-23 και συνίσταται σε μία συλλογή από θέματα καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε 3-4 papers τα οποία αναλαμβάνει κάθε ομάδα να αναλύσει (ένα θέμα η κάθε ομάδα).

Το πρώτο σύνολο ασκήσεων θα καθυστερήσει λίγο και θα ανακοινωθεί μεχρι την Κυριακή 19.3 και θα είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση συμβολοσειρών και μελέτη εργαλείων προσπέλασης βιολογικών βάσεων δεδομένων). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ολόκληρο.

Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία).

Η δήλωση εργασίας, για το δεύτερο project (δηλώνετε ΜΕ ΣΕΙΡΑ ΠΡΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΡΕΙΣ ΕΠΙΛΟΓΕΣ), θα πρέπει να γίνει με e-mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr, από 14.3.2023 μέχρι τις 2.4.2023. Η ανάθεση της δεύτερης εργασίας και η αντίστοιχη διανομή υλικού θα πραγματοποιηθούν από μένα με e_mail (το αργότερο μέσα σε μία εβδομάδα από την λήψη του email).

Ημερομηνία παράδοσης και των δύο εργασιών είναι τρεις μέρες πριν την ημερομηνία εξέτασης του μαθήματος (οι εργασίες θα πρέπει να ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS KAI NA σταλούν μέχρι τότε, με e_mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr). Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers της εργασίας που έχετε επιλέξει (επιπλέον βιβλιογραφικό υλικό από εσας πάνω στο αντικείμενο των papers θα προσμετρηθεί θετικά). Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματο. Στη διάρκεια της παρουσίασης τους μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

Επισημαίνεται ότι στο eclass έχει δημιουργηθεί ομάδα για όσους φοιτητές ψάχνουν για συνεργάτες στην άσκηση.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟ ΦΡΟΝΤΙΣΤΗΡΙΟ ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ 10.3, 18:00-20:00 στην αίθουσα E1

Wed, 08 Mar 2023 20:24:41 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

Την Παρασκευή 10.3, 18:00-20:00 στην αίθουσα E1 (https://www.ceid.upatras.gr/sites/default/files/pages/building-map_1.pdf) θα πραγματοποιηθεί από τον κ. Ρόμπολα συμπληρωματικό φροντιστήριο για το μάθημα Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική,

Το σημερινό δεν πραγματοποιήθηκε λόγω κατάληψης.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Έναρξη φροντιστηρίων 22.2.2023, μάθημα θεωρίας 1.3.2023 KAI ΕΓΓΡΑΦΗ ΣΤΟ ECLASS

Mon, 20 Feb 2023 21:20:32 +0300

Αγαπητοί/ες φοιτητές/τριες

1. τα φροντιστήρια στην Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική ξεκινάνε κανονικά 22.2.2023 19:00-21:00 στην αίθουσα Δ1 του νέου κτιρίου Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής.

2. λόγω της αργίας της Καθαράς Δευτέρας, την επόμενη Tετάρτη, 1.3.2023, 19:00-21:00 (στη Δ1) θα γίνει μάθημα θεωρίας Βιοπληροφορικής από εμένα, αντί για το φροντιστήριο.

3. είναι σημαντική η εγγραφή σας στο eclass καθώς εκτός από τις δημόσια προσπελάσιμες διαφάνειες (το μάθημα ανήκει στα ανοικτά μαθήματα), υπάρχουν και οι διαφάνειες/υλικό που προσπελαύνουν μόνο οι εγγεγραμμένοι στο μάθημα (υπάρχει η επιλογή κλειδώματος που επιτρέπει πρόσβαση μόνο στους εγγεγραμμένους στο μάθημα). Αυτές θα αναρτώνται απο εμένα (και απο τους συναδέλφους που κάνουμε μαζί το μάθημα), σταδιακά στο eclass,

Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Έναρξη παραδόσεων θεωρίας Eισαγωγή στη Βιοπληροφορική 20.2.2023

Mon, 20 Feb 2023 11:31:14 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

οι παραδόσεις στο μάθημα Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική ξεκινάνε κανονικά 20.2.2023 17:00-19:00 στην αίθουσα Δ1 του νέου κτιρίου Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής.

Επισημαίνεται ότι η θεωρία του μαθήματος θα γίνεται κάθε Δευτέρα 17:00-19:00 και το φροντιστήριο κάθε Τετάρτη 19:00-21:00, και τα δύο στην αίθουσα Δ1.

Εκ των διδασκόντων,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Εξετάσεις επί Διπλώματι Ιαν/Φεβ. 2023 Βιοπληροφορικής ΔΕΥΤΕΡΑ 6.2.2023, 11:00

Sat, 04 Feb 2023 13:02:04 +0300

Αγαπητοι Φοιτητές,

Οι προφορικές εξετάσεις στην επί Διπλώματι Ιαν./Φεβ. 2023, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν τη Δευτέρα 6/2/2023, 11:00-13:00, στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, άιθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, ακριβώς απέναντι από τη Γραμματεία, δίπλα στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Όλες οι εξεταζόμενες ομάδες πρέπει να είναι στο γραφείο μου στις 11:00.

Υπενθυμίζεται ότι οι εξετάσεις γίνονται με ερωτήσεις κρίσεως πάνω στα (IΔΙΑ Η ΠΑΡΑΠΛΗΣΙΑ) θέματα των πρώτων εργασιών τωρινου και παλαιοτέρων ετών (30%), με παρουσίαση της δεύτερης εργασίας (30%) και με προφορική εξέταση στις σημειώσεις (40%).

ΔΗΛΑΔΗ ΠΑΡΑΜΕΝΕΙ ΙΔΙΟ ΤΟ ΔΕΥΤΕΡΟ ΣΕΤ. OMΩΣ ΣΤΗΝ ΠΡΩΤΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΑΝ ΚΑΙ ΤΟ ΚΕΙΜΕΝΟ ΣΑΣ ΘΑ ΕΙΝΑΙ ΔΕΚΤΟ ΔΕΝ ΘΑ ΒΑΘΜΟΛΟΓΗΘΕΙΤΕ ΜΕ ΒΑΣΗ ΑΥΤΟ ΑΛΛΑ ΘΑ ΑΞΙΟΛΟΓΗΘΕΙ ΓΕΝΙΚΟΤΕΡΑ ΤΟ ΕΠΙΠΕΔΟ ΤΗΣ ΚΡΙΤΙΚΗΣ ΣΑΣ ΣΚΕΨΗΣ ΜΕ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΚΡΙΣΕΩΣ ΣΕ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΠΑΡΟΜΟΙΑΣ ΛΟΓΙΚΗΣ. ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΠΑΛΑΙΟΤΕΡΩΝ ΕΤΩΝ ΑΝΑΦΕΡΟΝΤΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΕΡΙΠΤΩΣΗ ΠΟΥ ΘΕΛΗΣΕΙ ΝΑ ΕΞΕΤΑΣΤΕΙ ΚΑΠΟΙΟΣ ΦΟΙΤΗΤΗΣ ΠΟΥ ΣΥΜΜΕΤΕΙΧΕ ΠΑΛΑΙΟΤΕΡΑ ΣΤΟ ΜΑΘΗΜΑ. ΓΙΑ ΟΣΟΥΣ ΣΤΕΙΛΟΥΝ ΦΕΤΙΝΗ ΠΡΩΤΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΟΙ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΘΑ ΕΙΝΑΙ ΠΑΝΩ ΣΕ ΘΕΜΑΤΑ ΠΑΡΑΠΛΗΣΙΑ ΜΕ ΤΗ ΦΕΤΙΝΗ ΠΡΩΤΗ ΕΡΓΑΣΙΑ.

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint,

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

(υπενθύμιση) Εξετάσεις επί Διπλώματι Ιαν/Φεβ. 2023 Βιοπληροφορικής ΔΕΥΤΕΡΑ 6.2.2023

Fri, 27 Jan 2023 15:15:27 +0300

Αγαπητοι Φοιτητές,

Οι προφορικές εξετάσεις στην επί Διπλώματι Ιαν./Φεβ. 2023, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν τη Δευτέρα 6/2/2023, 10:00-18:00, στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, άιθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, ακριβώς απέναντι από τη Γραμματεία, δίπλα στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 4.2.2023 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης (και όσοι θέλουν και της πρώτης) εργασίας που ορίζεται για τις 3/2/2023.

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΣΤΕΛΝΟΝΤΑI ΜΕ E_MAIL (makri@ceid.upatras.gr) KAI ΜΕ ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ EXAMS_ECLASS
(https://exams.eclass.upatras.gr/courses/CEID419/)

Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers που έχετε επιλέξει.

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint,

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

ΟΡΙΣΤΙΚΗ Παράταση για Εργασίες μέχρι 14/9 (στο eclass) Εξετάσεις Σεπτεμβρίου. 2022 Βιοπληροφορικής 16.9.2022

Tue, 06 Sep 2022 13:59:49 +0300

Αγαπητοι Φοιτητές,

μετά από αίτημα συμφοιτητών που θέλανε να στείλουνε εργασία οι προφορικές εξετάσεις στην εξέταση Σεπτ. 2022, του μαθήματος Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, θα πραγματοποιηθούν την Παρασκευή 16/9/2022, 10:00-18:00, στο γραφείο μου (νέο κτίριο Η/Υ, άιθουσα 1.12 (πρώτος όροφος, ακριβώς απέναντι από τη Γραμματεία, δίπλα στο γραφείο του Προέδρου του Τμήματος)). Αναλυτικό ωριαίο πρόγραμμα θα ανακοινωθεί 15.9.2022 αμέσως μετά την παράδοση της 2ης (και όσοι θέλουν και της πρώτης) εργασίας που ορίζεται (παράταση) για τις 14/9/2022.

ΥΠΕΝΘΥΜΙΖΩ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΣΤΕΛΝΟΝΤΑI ΜΕ E_MAIL (makri@ceid.upatras.gr) KAI ΜΕ ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ ECLASS TOY ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ Ή ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΟΥ EXAMS_ECLASS
(https://exams.eclass.upatras.gr/courses/CEID419/)

Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint,

εκ των διδασκόντων,
Χρήστος Μακρής

ΔΗΜΙΟΥΡΓΙΑ ΟΜΑΔΑ ΣΤΟ ECLASS ΓΙΑ ΦΟΙΤΗΤΕΣ ΧΩΡΙΣ ΣΥΝΕΡΓΑΤΗ ΓΙΑ PROJECTS 2021_2022

Wed, 13 Apr 2022 19:01:14 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

στο χώρο του eclass έχουμε ορίσει και μία ομάδα με τίτλο ΦΟΙΤΗΤΕΣ ΧΩΡΙΣ ΟΜΑΔΑ ΓΙΑ PROJECTS 2021_2022, όπου φοιτητές, που θέλουν να βρουν συνεργάτες για τα projects, μπορούν να γραφτούν και να δουν ποιοι έχουν δηλώσει εδώ συμμετοχή και να ανταλλάξουν email για ενδεχόμενη συνεργασία,

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής

Aνακοίνωση εργασιών Βιοπληροφορικής 2022

Wed, 16 Mar 2022 13:53:31 +0300

Αγαπητοί Φοιτητές,

στο χώρο ΕΓΓΡΑΦΑ του ECLASS του μαθήματος ανακοινώθηκε το πρώτο σύνολο ασκήσεων και το δεύτερο σύνολο ασκήσεων για το ακαδημαϊκό έτος 2021-22.Το πρώτο σύνολο ασκήσεων είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση συμβολοσειρών, ενώ το δεύτερο είναι μία συλλογή από θέματα καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε 2-3 papers τα οποία αναλαμβάνει κάθε ομάδα να αναλύσει.

ΓΙΑ ΤΙΣ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΘΑ ΜΙΛΗΣΟΥΜΕ ΣΤΗΝ ΑΡΧΗ ΤΟΥ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ THΣ ΔΕΥΤΕΡΑΣ 21.3.2022.

Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ολόκληρο. Η δήλωση εργασίας, για το δεύτερο project (δηλώνετε ΜΕ ΣΕΙΡΑ ΠΡΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΡΕΙΣ ΕΠΙΛΟΓΕΣ), θα πρέπει να γίνει με e-mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr, μέχρι τις 31.3.2022. Η ανάθεση της δεύτερης εργασίας και η αντίστοιχη διανομή υλικού θα πραγματοποιηθούν από μένα με e_mail.

Ημερομηνία παράδοσης και των δύο εργασιών είναι τρεις μέρες πριν την ημερομηνία εξέτασης του μαθήματος (οι εργασίες θα πρέπει να ΑΝΕΒΟΥΝ ΣΤΟ ECLASS KAI NA σταλούν μέχρι τότε, με e_mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr). Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers που έχετε επιλέξει. Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματος και θα είναι διάρκειας 40-45 λεπτά για κάθε ομάδα (10-15 λεπτά παρουσίαση των δύο εργασιών, 30 λεπτά προφορική εξέταση στις σημειώσεις του μαθήματος). Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.

Με εκτίμηση,

Χρήστος Μακρής