Παρουσίαση/Προβολή
(CEID1047) - Χρήστος Μακρής, Βασίλειος Μεγαλοοικονόμου
Περιγραφή Μαθήματος
Το μάθημα σχετίζεται με την εισαγωγή σε βασικές έννοιες της βιοπληροφορικής.
Ημερομηνία δημιουργίας
Τρίτη, 20 Μαρτίου 2012
-
Περιεχόμενο μαθήματος
Βασικές έννοιες Βιοπληροφορικής, σχεδιασμός φαρμάκων με χρήση Η/Υ, σχετικοί αλγόριθμοι
Το μάθημα "Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική" είναι ένα μάθημα ελεύθερης επιλογής στον τομέα του Λογικού των Υπολογιστών του Τμήματος Μηχανικών Η/Υ & Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Πατρών.
Στόχος του μαθήματος αυτού είναι να εισάγει τους φοιτητές στις βασικές έννοιες και τις εφαρμογές της Βιοπληροφορικής.
Βιοπληροφορική (bioinformatics) αποκαλείται ένας νέος σχετικά επιστημονικός κλάδος, που προέκυψε από τη συνεργασία των επιστημών της Βιολογίας και της Πληροφορικής. Θεωρώντας τα βιολογικά δεδομένα (DNA, RNA, πρωτεΐνες ως ψηφιακή πληροφορία, εφαρμόζει αλγορίθμους για την επεξεργασία τους και την παραγωγή χρήσιμων συμπερασμάτων με γρήγορο τρόπο. Είναι μια νέα επιστήμη η οποία παρέχει τα εργαλεία και τις μεθόδους τα οποία υποστηρίζουν την ανάγκη για την εκμετάλλευση υπολογιστικής ισχύος και την εξαγωγή γνώσης από βιολογικά δεδομένα. Η έρευνα σε αυτήν την περιοχή περιλαμβάνει την ανάλυση γενετικής/γονιδιωματικής πληροφορίας, με στόχο οτην πρόβλεψη, ή τον ακριβή καθορισμό βιολογικών λειτουργιών. Για το σκοπό αυτό, συνδυάζονται πολλές επιστήμες από διαφορετικές περιοχές, όπως Γονιδιωματική, Πληροφορική, Φαρμακευτική, Μοριακή Βιολογία, Στατιστική, Φυλογενετική, κλπ.
Μαθησιακοί στόχοι
Το μάθημα έχει στόχο να κατανοήσει ο σπουδαστής βασικές έννοιες της Βιοπληροφορικής, καθώς και τις διαδικασίες και τους αλγορίθμους που σχετίζονται με αυτή.
Προαπαιτούμενα
Βασικές γνώσεις αλγορίθμων, ανάκτησης πληροφορίας και αλγορίθμους διαχείρισης πληροφορίας.
Βιβλιογραφία
Βιοπληροφορική, Δυνατότητες και Προοπτικές, Σοφία Κοσσίδα, 2008
Εισαγωγή στους Αλγοριθμους Βιοπληροφορικής, Neil C. Jones, Pavel Pevzner, Εκδόσεις Κλειδάριθμος, 2008
Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, Arthur M. Lek, UTOPIA ΕΚΔΟΣΕΙΣ Μ. ΕΠΕ, 5η αμερικανική-1η ελληνική/2021
Βιοπληροφορική και Λειτουργική Γονιδιωματική, J onathan Pevsner, ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ Ι. ΜΠΑΣΔΡΑ & ΣΙΑ Ο.Ε., 1η/2019
Algorithms on Strings, Trees and Sequences, D. Gusfield, Cambridge University Press, 10th edition 2007
Handbook of Computational Molecular Biology (Chapman & All/Crc Computer and Information Scieience Series)December 2005, edited by Srinivas Aluru and Sartaj Sahni
Μπάγκος Παντελεήμων, Βιοπληροφορική, Έκδοση: Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών , 2015(https://repository.kallipos.gr/handle/11419/5016).
Νικολάου, Χριστόφορος Χουβαρδάς, Παναγιώτης, Υπολογιστική Βιολογία, Έκδοση: Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών , 2015 (https://repository.kallipos.gr/handle/11419/1577).
Gonzalo Navarro, Compact Data Structures: A Practical Approach2016 https://www.cambridge.org/core/books/compact-data-structures/68A5983E6F1176181291E235D0B7EB44
Βιολογία Κυττάρου - Μοριακή Προσέγγιση, Β. Μαρμάρας και Μ. Λαμπροπούλου - Μαρμάρα, Εκδόσεις TYPORAMA, 2000
Bioinformatics- From Genomes to Drugs, Edited by Thomas Lengauer, Volumes I & II, WILEY-VCH, 2001
Fundamental Concepts of Bioinformatics, D. Krane and M.L.Raymer, Pearson Education, 2003
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Edited by A.D.Baxevanis and B.F.F.Ouellette, Wiley-Liss, Inc., 2001
ΠΡΟΤΕΙΝΟΜΕΝΑ ΣΥΓΓΡΑΜΜΑΤΑ ΑΠΟ ΕΥΔΟΞΟΣ (https://eudoxus.gr/)
Βιβλίο [5110]: ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, Σοφία Κοσσιδά, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΝΕΩΝ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΩΝ, 2009
Βιβλίο [21522]: ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΟΥΣ ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΥΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ, NEIL C. JONES, PAVEL A. PEVZNER,
ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΛΕΙΔΑΡΙΘΜΟΣ ΕΠΕ, 2010
Βιβλίο [94702956]: Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, ARTHUR M. LESK, UTOPIA ΕΚΔΟΣΕΙΣ Μ. ΕΠΕ., 5η αμερικανική-1η ελληνική/2021
Βιβλίο [86054818]: Βιοπληροφορική & Λειτουργική Γονιδιωματική, Jonathan Pevsner,ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ Ι. ΜΠΑΣΔΡΑ & ΣΙΑ Ο.Ε., 1η/2019
Βιβλίο [22771922]: Βιοπληροφορική, A. BAXEVANIS, B.F. OUELLETTE, ΠΑΡΙΣΙΑΝΟΥ ΜΟΝΟΠΡΟΣΩΠΗ ΑΝΩΝΥΜΗ ΕΚΔΟΤΙΚΗ ΕΙΣΑΓΩΓΙΚΗ ΕΜΠΟΡΙΚΗ ΕΤΑΙΡΕΙΑ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΩΝ ΒΙΒΛΙΩΝ, 2η/2012Μέθοδοι αξιολόγησης
Αξιολόγηση: η αξιολόγηση γίνεται με δύο εργασίες και μία προφορική εξέταση στην ύλη του μαθήματος (που είναι οι σημειώσεις του μαθήματος και τα θέματα που πραγματεύονται οι διαφάνειες του μαθήματος με αντιστοιχη βιβλιογραφία στο υλικό του Ευδόξου).
Το πρώτο σύνολο ασκήσεων είναι μία συλλογή από ασκήσεις σε διαχείριση συμβολοσειρών, ενώ το δεύτερο είναι μία συλλογή από θέματα καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε 4-5 papers τα οποία αναλαμβάνει κάθε ομάδα να αναλύσει.
Οι εργασίες θα πραγματοποιηθούν σε ομάδες 1-2 ατόμων (οι ΙΔΙΕΣ για κάθε εργασία). Το πρώτο σύνολο ασκήσεων πρέπει να πραγματοποιηθεί ολόκληρο.
Ημερομηνία παράδοσης και των δύο εργασιών είναι τρεις μέρες πριν την ημερομηνία εξέτασης του μαθήματος (οι εργασίες θα πρέπει να σταλούν μέχρι τότε ΜΕ ΑΝΑΡΤΗΣΗ ΣΤΟ E_CLASS ΚΑΙ με e_mail στη διεύθυνση makri@ceid.upatras.gr). Το παραδοτέο της 2ης γ.ε. θα είναι μία αναφορά (μεγέθους 20-25 σελίδες), στην οποία θα καταγράφονται οι βασικές ιδέες των papers που έχετε επιλέξει. Η εξέταση και των δύο εργασιών, θα πραγματοποιηθεί μαζί με την τελική εξέταση του μαθήματος και θα είναι διάρκειας 40-45 λεπτά για κάθε ομάδα (10-20 λεπτά παρουσίαση των δύο εργασιών, 25-30 λεπτά προφορική εξέταση στις σημειώσεις του μαθήματος). Στη διάρκεια της παρουσίασης μπορείτε, αν θέλετε, να χρησιμοποιήσετε powerpoint.Βαθμολογική συνεισφορά εργασιών: υπενθυμίζεται ότι το πρώτο σύνολο εργασιών συνεισφέρει κατά 30% στη συνολική βαθμολογία, το δεύτερο σύνολο εργασιών 30% επίσης, και η τελική προφορική εξέταση στις σημειώσεις συνεισφέρει κατά 40%. Οι εξετάσεις Σεπτεμβρίου και επί διπλώματι Ιανουαρίου γίνονται με ερωτήσεις κρίσεως πάνω (ΚΑΙ) σε (ΠΑΡΑΠΛΗΣΙΑ) θέματα της πρώτης εργασίας (30%), με παρουσίαση της δεύτερης εργασίας (30%) και με προφορική εξέταση στις σημειώσεις (40%).
ΔΗΛΑΔΗ ΤΟ ΣΕΠΤΕΜΒΡΙΟ ΠΑΡΑΜΕΝΕΙ ΙΔΙΟ ΤΟ ΔΕΥΤΕΡΟ ΣΕΤ. OMΩΣ ΣΤΗΝ ΠΡΩΤΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΑΝ ΚΑΙ ΤΟ ΚΕΙΜΕΝΟ ΣΑΣ ΘΑ ΕΙΝΑΙ ΔΕΚΤΟ ΔΕΝ ΘΑ ΒΑΘΜΟΛΟΓΗΘΕΙΤΕ ΠΛΗΡΩΣ ΜΕ ΒΑΣΗ ΑΥΤΟ ΑΛΛΑ ΘΑ ΑΞΙΟΛΟΓΗΘΕΙ ΓΕΝΙΚΟΤΕΡΑ ΚΑΙ ΤΟ ΕΠΙΠΕΔΟ ΤΗΣ ΚΡΙΤΙΚΗΣ ΣΑΣ ΣΚΕΨΗΣ ΜΕ ΕΡΩΤΗΣΕΙΣ ΚΡΙΣΕΩΣ ΣΕ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΠΑΡΟΜΟΙΑΣ ΛΟΓΙΚΗΣ ΣΕ ΘΕΜΑΤΑ ΠΑΡΑΠΛΗΣΙΑ.
ΕΠΙΣΗΜΑΙΝΕΤΑΙ ΟΤΙ ΟΙ ΕΡΓΑΣΙΕΣ ΕΧΟΥΝ ΙΣΧΥ ΜΟΝΟ ΓΙΑ ΤΟ ΕΤΟΣ ΠΟΥ ΔΙΝΟΝΤΑΙ.
Διδάσκοντες
Διδάσκοντες: Χρήστος Μακρής, Βασίλειος Μεγαλοοικονόμου
Αίθουσα διδασκαλίας: αίθουσες Δ1 και Δ2 Νέο Κτίριο Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής (https://www.ceid.upatras.gr/sites/default/files/pages/building-map_0.pdf)
Ώρες Διδασκαλίας Μαθήματος (Θεωρία 2024-2025): Δευτέρα 17:00-19:00 στην Δ1Ώρες Φροντιστηρίου ακ.έτους 2024-25: Τετάρτη 16:00-18:00 στην Δ1
Ώρες ενημέρωσης για εργασίες ακ.έτους 2024-25: Δευτέρα 19:15-21:00 στo Yπολογιστικό Κέντρο (2ος όροφος νέου κτιρίου Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής).
Τρόπος Εξέτασης: Η εξέταση του μαθήματος συνίσταται στην παράδοση και εξέταση 2 εργασιών από ομάδες 1-2 ατόμων. Η πρώτη εργασία θα συνεισφέρει στο 30% του συνολικού βαθμού και η δεύτερη εργασία μαζί με την προφορική εξέταση στις σημειώσεις του μαθήματος θα συνεισφέρει στο 70% του συνολικού βαθμού.
Οι εξετάσεις Σεπτεμβρίου θα γίνονται με ερωτήσεις πάνω στα θέματα των πρώτων εργασιών παλαιοτέρων ετών, με παρουσίαση της δεύτερης εργασίας και με προφορική εξέταση στις σημειώσεις.