Aγαπητοί/ές Φοιτητές/τριες
(μετα και από ερώτηση συμφοιτητή σας) επισημαίνω ότι στο ερώτημα 2(ii) της πρώτης εργασίας υπάρχει το ερωτημα: "Στη συνέχεια συγκρίνετε τις δομές των δύο πρωτεινών χρησιμοποιώντας το εργαλείο Dali στην ηλεκτρονική διεύθυνση http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/."
Για το εργαλείο Dali δύο πολύ καλές αναφορές είναι οι (ιδίως η πρώτη ειναι πολύ αναλυτική) :
Liisa Holm, Using Dali for Protein Structure Comparison, Structural Bioinformatics: Methods and Protocols. 2020, Gáspári, Z. (ed.). Humana press, Vol. 2112. p. 29-42 14 p. ( Methods in Molecular Biology; vol. 2112). (μία αρχική έκδοση προσπελάσιμη από https://helda.helsinki.fi/items/f56abed3-eb09-48f6-a2f6-e0816090e399)
Liisa Holm: Dali server: structural unification of protein families. Nucleic Acids Res. 50(W1): 210-215 (2022)
(προσπελάσιμο από https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9252788/)
και προφανώς τα tutorials του εργαλείου:
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial.pdf
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/DaliTutorial2022.pdf
και η ιστοσελίδα με σχετικές αναφορές: http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/
Eπίσης (το έχω προσθέσει αυτό στην εκφώνηση σαν επιπλέον χωρίς βαθμολογική συνεισφορά μελέτη) στο διαδικτυακό τόπο https://biologicalmodeling.org/coronavirus/home μπορείτε να βρείτε απαντήσεις σε παραπλήσια (όχι όμως ίδια ερωτήματα). Εκεί, στον ίδιο δικτυακό τόπο, υπάρχει και σχετικό υλικό για αλγορίθμους συγκρισης δομών πρωτεινών: https://biologicalmodeling.org/coronavirus/accuracy.
Το υλικό αυτό σας επιτρέπει να χρησιμοποιήσετε, ΑΝ ΘΕΛΕΤΕ, και άλλα εργαλεία για σύγκριση δομών πρωτείνων, εκτός του Dali.
Με εκτίμηση,
Χρήστος Μακρής
